微生物肥料(microbial fertilizer)在我國又被稱為細菌肥料、生物肥料，許多國家將其稱作接種劑，日本將其稱作微生物土壤改良材料，也有一些國家將其稱為微生物肥料或生物肥料。

盡管有不同的名稱，但制品中都含有一定數量的微生物，而且這些微生物又起重要作用。

（枯草芽孢桿菌、膠質芽孢桿菌、炭疽菌等等上海漢和生物工程研發中心的菌種培育種類舉例）

按照特定微生物及作用機理劃分

我國目前市場上出現的品種主要有：

1.固氮菌類肥料；

2.根瘤菌類肥料；

3.解磷菌肥料；

4.硅酸鹽細菌肥料；

5.光合細菌肥料；

6.芽抱桿菌制劑；

7.分解作物秸稈制劑；

8.微生物生長調節劑類；

9.復合微生物類肥料；

10.與PGPR類聯合使用的制劑；

11.其它微生物肥料(AM菌根真菌肥料、抗生菌肥料)等。

按照概念涵蓋范圍不同劃分

一類是狹義的微生物肥料，指通過其中所含微生物的生命活動來增加植物營養元素的供應量，從而改善植物的營養狀況來提高產量；

另一類是廣義的微生物肥料，指通過其中微生物的生命活動，提高植物營養元素的供應量，產生植物生長激素，促進植物對營養元素的吸收利用或拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕農作物病蟲害而使產量增加。

常見的微生物肥料分為三種產品：生物有機肥、微生物菌劑、復合微生物菌劑。

生物有機肥指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。

微生物菌劑（農用微生物菌劑）指目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁后加工制成的工業制劑。它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用；應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長、改善農產品品質及農業生態環境。

復合微生物肥料是指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。

多數專家學者認為，微生物肥料的微生態效應主要表現在以下幾個方面：

1、調控已失調的微生態。

2、增加微生態環境中有益微生物種群數量，降低危害能力。

3、肥料中的微生物是活菌，除活菌作用外，活菌代謝產物也改善微生態環境中化學及物理環境，達到增產作用。

（漢和生物工程中心嚴格按照國際級微生物產品生產要求建設，全程達GMP標準）

1、富含有益微生物菌群。環境適應性強，易發揮出種群優勢；具有營養功能強、根際促生效果好、肥效高等優點。

2、富含生理活性物質。生產生物有機肥將有機肥發酵進行無害化、高效化處理產生赤霉素、多種維生素以及氨基酸、核酸、生長素、尿囊素等生理活性物質。

3、富含有機、無機養分。除了含有氮磷鉀等養分外，還含有一定中量元素(Ca、Mg、S)和微量元素(Fe、 Mn、Cu、Zn等)以及其他對作物生長有益的元素(Si, Co, Se, Na等)，故具養分含量豐富且體積小、宜施用的優點。

4、加入的微生物菌對生物和環境安全無害，且適合工業化生產和滿足大規模農業生產需求。

農業部標準文件NY/T1847-2010 《微生物肥料生產菌株質量評價通用技術要求》 中明確了微生物肥料的主要功能：

1、提供或活化養分功能；

2、產生促進作物生長活性物質能力；

3、促進有機物料腐熟功能；

4、改善農產品品質功能；

5、增強作物抗逆性功能；

6、改良和修復土壤功能。